जिले में धान कटाई के बाद पराली जलाने से प्रदूषण का स्तर लगातार बढ़ रहा है। बढ़ती सर्दी और स्मोक के कारण सांस लेने में दिक्कतें आ रही है, जिससे दमा एलर्जी और आंखों में जलन जैसी स्वास्थ्य समस्या तेजी से बढ़ रही है। जिले में वायु गुणवत्ता सूचकांक एकयुआई 306 तक पहुंच गया है, जिससे हनुमानगढ़ जिला प्रदूषण के मामले मे पूरे राजस्थान प्रदेश मे पहले स्थान पर आ गया है।